{"id":658,"date":"2023-10-27T08:57:58","date_gmt":"2023-10-27T06:57:58","guid":{"rendered":"https:\/\/teneochem.pl\/?page_id=658"},"modified":"2023-10-27T08:57:58","modified_gmt":"2023-10-27T06:57:58","slug":"methodology","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/methodology\/","title":{"rendered":"Metodologia"},"content":{"rendered":"\n

Pokazane na poni\u017cszych stronach struktury zosta\u0142y utworzone w nast\u0119puj\u0105cy spos\u00f3b:<\/p>\n\n\n\n

    \n
  1. Przeniesienie idei z umys\u0142u na „papier” poprzez narysowanie schematu struktury 2D w niekomercyjnych wersjach edytora ChemSketch.<\/li>\n\n\n\n
  2. Optymalizacja geometrii narysowanej struktury z wykorzystaniem modu\u0142u mechaniki molekularnej (MM) programu ChemSketch. Nale\u017cy nadmieni\u0107, \u017ce u\u017cywa\u0142em do optymalizacji struktur wersji programu ChemSketch opublikowanych do roku 2018 (to znaczy wersje z lat 2015, 2016 oraz 2017). Zdarza\u0142o si\u0119, \u017ce wersje opublikowane od roku 2019 zawiesza\u0142y si\u0119 na pr\u00f3bach optymalizacji MM, co czasem wi\u0105za\u0142o si\u0119 z konieczno\u015bci\u0105 resetowania komputera. Starsze wersje wykonywa\u0142y polecenia optymalizacji bezproblemowo… i szybko.<\/li>\n\n\n\n
  3. Zapisanie struktury w formacie MDL mol V2000 lub przeniesienie tak zoptymalizowanej struktury do 3D Viewera (modu\u0142 programu ChemSketch) i zapisanie na dysku zbioru wsp\u00f3\u0142rz\u0119dnych w formacie programu MOPAC (nazwa.mop).<\/li>\n\n\n\n
  4. Utworzenie pliku wej\u015bciowego do programu Orca z u\u017cyciem programu Avogadro (wersje wcze\u015bniejsze lub 1.99)<\/li>\n\n\n\n
  5. Optymalizacja zapisanej struktury geometrii za pomoc\u0105 programu MOPAC22 z u\u017cyciem metody PM7 lub programu Orca i metody PM3.<\/li>\n\n\n\n
  6. Optymalizacja tak uzyskanej geometrii za pomoc\u0105 programu Orca 4.2.1 (potem Orca 5.0.4) na poziomie DFT w potencjale B3LYP i dla funkcji bazy def2-SVP (lub rev\/PBE\/def2-TZVP, rzadko innych kombinacji potencja\u0142u i bazy funkcyjnej). W cz\u0119\u015bci przypadk\u00f3w prowadzi\u0142em optymalizacj\u0119 na poziomie HF w bazach 6-31G lub 6-31G(d). Dla ka\u017cdej zamieszczonej struktury podawa\u0142em informacj\u0119 o zastosowanym poziomie, potencjale i bazie oblicze\u0144.<\/li>\n\n\n\n
  7. Sprawdzenie poprawno\u015bci optymalizacji za pomoc\u0105 obliczenia znaku warto\u015bci w\u0142asnych hessianu (komenda w programie Orca freq lub numfreq). W wypadku uzyskania wszystkich warto\u015bci dodatnich, uznawa\u0142em, \u017ce struktura mo\u017ce zosta\u0107 opublikowana na niniejszych stronach (zdarza si\u0119, \u017ce opublikowa\u0142em struktury nosz\u0105ce cz\u0119sto\u015bci ujemne, wyja\u015bnia\u0142em wtedy dlaczego to zrobi\u0142em).<\/li>\n\n\n\n
  8. Dla cz\u0105steczek o liczbie atom\u00f3w przekraczaj\u0105cych 100 obliczenia cz\u0119sto\u015bci dokonywa\u0142em na poziomie p\u00f3\u0142empirycznej metody PM7 lub PM3. Wynika\u0142o to z braku dostatecznie szybkiego komputera.<\/li>\n<\/ol>\n\n\n\n

    W przypadkach du\u017cych cz\u0105steczek poprzestawa\u0142em na obliczeniu optymalnej geometrii, ale z pomini\u0119ciem obliczania warto\u015bci hessianu. Tego typu niedostatek mam jednak nadziej\u0119 poprawi\u0107 poprzez nawi\u0105zanie wsp\u00f3\u0142pracy z osobami maj\u0105cymi do\u015bwiadczenie z u\u017cywaniem superkomputer\u00f3w (i widz\u0105cymi w mojej pracy jaki\u015b sens). Przyznaj\u0119, \u017ce moje do\u015bwiadczenie w tym wzgl\u0119dzie nie jest wystarczaj\u0105ce, cho\u0107 praca zdalna z centrami superkomputerowymi nie jest mi obca. R\u00f3wnie\u017c poruszanie si\u0119 w podstawach systemu UNIX i pochodnych mog\u0119 uzna\u0107 za niemal wystarczaj\u0105ce. Jednak zdalna praca konsolowa jest moim zdaniem anachroniczna. Powinny w polskich centrach superkomputeowych by\u0107 dost\u0119pne wersje webowe silnik\u00f3w obliczeniowych, jak ten WebMO<\/a>. <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    Pokazane na poni\u017cszych stronach struktury zosta\u0142y utworzone w nast\u0119puj\u0105cy spos\u00f3b: W przypadkach du\u017cych cz\u0105steczek poprzestawa\u0142em na obliczeniu optymalnej geometrii, ale z pomini\u0119ciem obliczania warto\u015bci hessianu. Tego typu niedostatek mam jednak nadziej\u0119 poprawi\u0107 poprzez nawi\u0105zanie wsp\u00f3\u0142pracy z osobami maj\u0105cymi do\u015bwiadczenie z u\u017cywaniem superkomputer\u00f3w (i widz\u0105cymi w mojej pracy jaki\u015b sens). Przyznaj\u0119, \u017ce moje do\u015bwiadczenie w tym […]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-658","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/658","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=658"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/658\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=658"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}