{"id":3314,"date":"2024-08-07T16:34:32","date_gmt":"2024-08-07T14:34:32","guid":{"rendered":"https:\/\/teneochem.pl\/?page_id=3314"},"modified":"2025-01-30T15:26:40","modified_gmt":"2025-01-30T15:26:40","slug":"swetereny2","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/swetereny2\/","title":{"rendered":"Swetereny2"},"content":{"rendered":"\n<p>Opracowanie poni\u017cej pokazanych struktur zacz\u0119\u0142o si\u0119 o stwierdzenia, \u017ce poprzednio opisany zwi\u0105zek <strong>C<\/strong> wykazuje jedn\u0105 ujemn\u0105 cz\u0119sto\u015b\u0107 w hessianie. Charakter tego drgania jest przedstawiony na poni\u017cszej animacji (Avogadro 1.99\/ OBS-studio\/ CapCut):<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-video\"><video height=\"1080\" style=\"aspect-ratio: 1920 \/ 1080;\" width=\"1920\" controls src=\"http:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/08\/drganie-ujemne.mp4\"><\/video><\/figure>\n\n\n\n<p>Minimum energetyczne  wyst\u0119puje wtedy, gdy cz\u0105steczka jest p\u0142aska. Jednocze\u015bnie generuje to jedno maksimum dla drugich pochodnych sta\u0142ych si\u0142owych (st\u0105d w hessianie warto\u015b\u0107 ujemna). Zazwyczaj d\u0105\u017cy si\u0119 do wyrugowania ujemnej warto\u015bci przez manipulacje struktur\u0105. W tym wypadku zachowanie si\u0119 drgania sugeruje zamro\u017cenie struktury w formie  nieckowatej (albo wypuk\u0142ej &#8211; jak kto woli). Pierwsza modyfikacja, kt\u00f3r\u0105 zoptymalizowa\u0142em rzeczywi\u015bcie okaza\u0142a si\u0119 zrelaksowana na poziomie p\u00f3\u0142empirycznym (C<sub>39<\/sub>N<sub>6<\/sub> &#8211; Orca 4.2.1\/ PM3\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/swetereny\/aza-nowy-zwitter1-pm3-C39N6.sdf' data-backgroundcolor='#660000' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Kolejna struktura jest pozbawiona trzech atom\u00f3w azotu. To znaczy zast\u0105pi\u0142em je grupami CH. Oblicze\u0144ia wykona\u0142em na poziomie p\u00f3\u0142empirycznym (C<sub>42<\/sub>H<sub>3<\/sub>N<sub>3<\/sub> &#8211; parametry oblicze\u0144 jak wy\u017cej) oraz DFT (Orca 6.0.0\/ revPBE\/ def2-TZVP\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/swetereny\/nowy-zwitter1-pm3-C42H3N3.sdf' data-backgroundcolor='#660000' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>W kolejnym kroku po\u0142\u0105czy\u0142em za pomoc\u0105 mostk\u00f3w -C\u2261C- Struktury opisane poprzednio jako <strong>A<\/strong> (C<sub>42<\/sub>N<sub>12<\/sub> &#8211; Orca 6.0.0\/ revPBE\/ def2-TZVP\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/swetereny\/bi-aza-nowy-zwitter1-onv-C42N12.sdf' data-backgroundcolor='#660000' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Przypuszcza\u0142em, \u017ce je\u015bli moleku\u0142a skonstruowana z u\u017cyciem mostk\u00f3w acetylenowych jest zrelaksowana, to powinna by\u0107 r\u00f3wnie\u017c dla d\u0142u\u017cszych \u0142a\u0144cuch\u00f3w \u0142\u0105cz\u0105cych (C<sub>72<\/sub>N<sub>6<\/sub> &#8211; Orca 6.0.0\/ xTB\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/swetereny\/zwittwer1-xtb-C72N6.sdf' data-backgroundcolor='#660000' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Poni\u017cej znajduje si\u0119 izomer poprzednio pokazanego zwi\u0105zku (Orca 6.0.0\/ revPBE\/ def2-TZVP\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/swetereny\/zwitter-2-onv-C72N6.sdf' data-backgroundcolor='#660000' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Nast\u0119pne struktury czekaj\u0105 na publikacj\u0119.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Opracowanie poni\u017cej pokazanych struktur zacz\u0119\u0142o si\u0119 o stwierdzenia, \u017ce poprzednio opisany zwi\u0105zek C wykazuje jedn\u0105 ujemn\u0105 cz\u0119sto\u015b\u0107 w hessianie. Charakter tego drgania jest przedstawiony na poni\u017cszej animacji (Avogadro 1.99\/ OBS-studio\/ CapCut): Minimum energetyczne wyst\u0119puje wtedy, gdy cz\u0105steczka jest p\u0142aska. Jednocze\u015bnie generuje to jedno maksimum dla drugich pochodnych sta\u0142ych si\u0142owych (st\u0105d w hessianie warto\u015b\u0107 ujemna). Zazwyczaj [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-3314","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3314","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=3314"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3314\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3672,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3314\/revisions\/3672"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=3314"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}