{"id":3223,"date":"2024-07-30T22:46:54","date_gmt":"2024-07-30T20:46:54","guid":{"rendered":"https:\/\/teneochem.pl\/?page_id=3223"},"modified":"2025-01-30T15:23:13","modified_gmt":"2025-01-30T15:23:13","slug":"c108n12","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/c108n12\/","title":{"rendered":"C108N12"},"content":{"rendered":"\n

Ta grupa struktur nie posiada swojej oryginalnej nazwy. Struktury s\u0105 jednak izomeryczne z wcze\u015bniej opisanymi pirosferami<\/a>. R\u00f3\u017cnica polega na tym, \u017ce poprzednio atomy azotu by\u0142y cz\u0119\u015bci\u0105 pier\u015bcieni pirolowych. Struktury opisane poni\u017cej posiadaj\u0105 atomy azotu wbudowane w \u0142a\u0144cuchy pomi\u0119dzy cyklami anion\u00f3w pentadienylowych. Formalnie tworz\u0105 one oboj\u0119tny fragment o formalnej strukturze -C\u2261N(+)<\/sup>-C(-)<\/sup> (tu anion w\u0119glowy jest fragmentem uk\u0142adu cyklopentadienylowego). Pierwsza cz\u0105steczka zosta\u0142a zbudowana na wyczucie (Orca 5.0.4\/ B3LYP\/ def2-SVP\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Cz\u0105steczka jest elektrycznie oboj\u0119tna. K\u0105ty walencyjne C-N-C nie s\u0105 sta\u0142e i mieszcz\u0105 si\u0119 w granicach 143 – 153\u00b0. Te warto\u015bci k\u0105t\u00f3w sugeruj\u0105 geometri\u0119 bli\u017csz\u0105 N<\/em>-podstawionym iminiom ni\u017c postulowanej wcze\u015bniej strukturze nitryliowej. To zagadnienie b\u0119dzie wymaga\u0142o w przysz\u0142o\u015bci szerszej analizy.<\/p>\n\n\n\n

W tym miejscu odchodz\u0119 od tematu g\u0142\u00f3wnego. Przyczyna jest taka, \u017ce stara\u0142em si\u0119 dotrze\u0107 do \u017ar\u00f3d\u0142a struktur C108<\/sub>N12<\/sub>. Zastanawia\u0142em si\u0119, jaka idea mi towarzyszy\u0142a podczas konstrukcji takich zwi\u0105zk\u00f3w. Przegl\u0105d plik\u00f3w ze strukturami zapisanymi w formacie ChemSketcha na pocz\u0105tku roku 2023 wykaza\u0142 istnienie pomys\u0142\u00f3w, o kt\u00f3rych niemal bym zapomnia\u0142. Pomys\u0142y te wymaga\u0142y ponownego opracowania.<\/p>\n\n\n\n

By\u0107 mo\u017ce ponad p\u00f3\u0142tora roku temu kolejno\u015b\u0107 moich rozwa\u017ca\u0144 by\u0142a nieco inna, ale teraz widz\u0119 to tak, jak opisane jest poni\u017cej. Dodam, \u017ce pod koniec lipca 2024 roku g\u0142\u00f3wny ci\u0119\u017car oblicze\u0144 przenios\u0142em na now\u0105 wersj\u0119 programu Orca 6.0.0<\/strong><\/a>. Dodatkowo postanowi\u0142em u\u017cywa\u0107 do oblicze\u0144 na poziomie p\u00f3\u0142empirycznym pakietu xTB<\/strong><\/a> (jako dodatku do Orki). G\u0142\u00f3wn\u0105 zalet\u0105 tego pakietu jest (opr\u00f3cz du\u017cej szybko\u015bci oblicze\u0144 na jednym rdzeniu) mo\u017cliwo\u015b\u0107 dodatkowego zwi\u0119kszenia szybko\u015bci przez paralelizacj\u0119 oblicze\u0144 na poziomie p\u00f3\u0142empirycznym! Wa\u017cna dla mnie cecha oszcz\u0119dzaj\u0105ca czas i energi\u0119. Taki zestaw program\u00f3w u\u017cy\u0142em do optymalizacji i relaksacji struktury pokazanej poni\u017cej (Orca 6.0.0\/ XTB\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Pierwsza pokazana na tej stronie cz\u0105steczka zosta\u0142a wyprowadzona z drugiej. W pierwszym etapie przez usuni\u0119cie wszystkich atom\u00f3w wodoru. W drugim zwolnione warto\u015bciowo\u015bci zosta\u0142y „zasklepione” przez pentapodstawione fragmenty cyklopentadienylowe. <\/p>\n\n\n\n

Poni\u017cej pokazuj\u0119 struktur\u0119, kt\u00f3ra jest jedn\u0105 z kilku izomerycznych, kt\u00f3re podda\u0142em optymalizacji (parametry oblicze\u0144 jak wy\u017cej): <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Zdaj\u0119 sobie spraw\u0119, \u017ce r\u00f3\u017cnice mi\u0119dzy tymi dwiema strukturami s\u0105 trudne do uchwycenia bez zbadania dok\u0142adnej topologii obu cz\u0105steczek. Jest to pow\u00f3d, dla kt\u00f3rego nie publikuj\u0119 wynik\u00f3w oblicze\u0144 dla pozosta\u0142ych dw\u00f3ch izomer\u00f3w C108<\/sub>N12<\/sub>.<\/p>\n\n\n\n

W kolejnym wpisie poka\u017c\u0119 struktury, kt\u00f3re s\u0105 rozwini\u0119ciem pokazanych powy\u017cej idei.<\/p>\n\n\n\n

Aza-idee<\/strong><\/a><\/mark> ci\u0105g dalszy (31 lipca 2024)<\/p>\n\n\n\n

Literatura zalecana przez P.T. Autor\u00f3w pakietu Orca:<\/p>\n\n\n\n

    \n
  1. Neese, F.
    Software update: the ORCA program system, version 5.0<\/em>
    WIRES Comput. Molec. Sci., 2022 12(1)e1606
    doi.org\/10.1002\/wcms.1606<\/li>\n\n\n\n
  2. Grimme, S.; Bannwarth, C.; Shushkov, P.
    A Robust and Accurate Tight-Binding Quantum Chemical Method for Structures, Vibrational Frequencies, and Noncovalent Interactions of Large Molecular Systems Parametrized for All spd-Block Elements (Z = 1\u201386)<\/em>
    J. Chem. Theory Comput., 2017 13(5)1989-2009
    doi.org\/10.1021\/acs.jctc.7b00118<\/li>\n\n\n\n
  3. Bykov, D.; Petrenko, T.; Izsak, R.; Kossmann, S.; Becker, U.; Valeev, E.; Neese, F.
    Efficient implementation of the analytic second derivatives of Hartree-Fock and hybrid DFT energies: a detailed analysis of different approximations
    <\/em>Molec. Phys., 2015 113 1961-1977
    doi.org\/10.1080\/00268976.2015.1025114<\/li>\n\n\n\n
  4. Bannwarth, C.; Caldeweyher, E.; Ehlert, S.; Hansen, A.; Pracht, P.; Seibert, J.; Spicher, S.; Grimme, S.
    Extended tight-binding quantum chemistry methods
    <\/em>WIRES Comput. Molec. Sci., 2020 11(2)e1493
    doi.org\/10.1002\/wcms.1493<\/li>\n\n\n\n
  5. Neese, F.
    The ORCA program system
    <\/em>WIRES Comput. Molec. Sci., 2012 2(1)73-78
    doi.org\/10.1002\/wcms.81<\/li>\n\n\n\n
  6. Neese, F.
    Software update: the ORCA program system, version 4.0
    <\/em>WIRES Comput. Molec. Sci., 2018 8(1)1-6
    doi.org\/10.1002\/wcms.1327<\/li>\n\n\n\n
  7. Neese, F.; Wennmohs, F.; Becker, U.; Riplinger, C.
    The ORCA quantum chemistry program package
    <\/em>J. Chem. Phys., 2020 152 Art. No. L224108
    doi.org\/10.1063\/5.0004608<\/li>\n<\/ol>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    Ta grupa struktur nie posiada swojej oryginalnej nazwy. Struktury s\u0105 jednak izomeryczne z wcze\u015bniej opisanymi pirosferami. R\u00f3\u017cnica polega na tym, \u017ce poprzednio atomy azotu by\u0142y cz\u0119\u015bci\u0105 pier\u015bcieni pirolowych. Struktury opisane poni\u017cej posiadaj\u0105 atomy azotu wbudowane w \u0142a\u0144cuchy pomi\u0119dzy cyklami anion\u00f3w pentadienylowych. Formalnie tworz\u0105 one oboj\u0119tny fragment o formalnej strukturze -C\u2261N(+)-C(-) (tu anion w\u0119glowy jest fragmentem […]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-3223","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3223","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=3223"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3223\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3444,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3223\/revisions\/3444"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=3223"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}