{"id":2748,"date":"2024-05-21T18:39:41","date_gmt":"2024-05-21T16:39:41","guid":{"rendered":"https:\/\/teneochem.pl\/?page_id=2748"},"modified":"2025-01-30T15:03:55","modified_gmt":"2025-01-30T15:03:55","slug":"cyklosy2","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/cyklosy2\/","title":{"rendered":"Cyklosy2"},"content":{"rendered":"\n<p>Nast\u0119pny model r\u00f3\u017cni si\u0119 do poprzednich tym, \u017ce zmostkowane zosta\u0142y atomy w\u0119gla le\u017c\u0105ce na zewn\u0105trz makrocyklu. Zauwa\u017cy\u0142em, \u017ce u\u0142o\u017cenie atom\u00f3w wodotu mo\u017ce sprzyja\u0107 ich podstawieniu przez fragmenty allenowe -C=C=CH-. Ten zabieg konstrukcyjny da\u0142 cz\u0105steczk\u0119, kt\u00f3ra uleg\u0142a optymalizacji i relaksacji na poziomie PM3 (Orca 4.2.1\/ PM3\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/cyklosy\/cyklo-bi-nast-popra-pm3-onv-C96H48.sdf' data-backgroundcolor='#FF99FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>T\u0119 seri\u0119 zako\u0144czy\u0142 model z wstawionymi atomami azotu (parametry oblicze\u0144 jak wy\u017cej):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/cyklosy\/cyklo-bi-heksaspiro-mod03-5-aza-pm3-onv-C90H36N6.sdf' data-backgroundcolor='#FF99FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Now\u0105 seri\u0119 zwi\u0105zk\u00f3w rozpocz\u0105\u0142em od usztywnienia modelu <strong>A<\/strong> z poprzedniej strony. Atomy wodoru pier\u015bcieni ekwatorianych wzgl\u0119dem p\u0142aszczyzny makrocyklu podstawi\u0142em grupami metylenowymi. Zrobi\u0142em to w taki spos\u00f3b, \u017ce grupy -CH<sub>2<\/sub>&#8211; po\u0142\u0105czy\u0142y s\u0105siednie atomy w\u0119gla fragment\u00f3w etenowych. W ten spos\u00f3b powsta\u0142 model <strong>A1<\/strong> (rysunek poni\u017cej &#8211; dobudowane atomy w\u0119gla zaznaczy\u0142em kolorem czerwonym, atomy wodoru usuni\u0119te dla klarowno\u015bci rysunku):<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image aligncenter size-full is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"879\" height=\"924\" src=\"http:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/rozwoj-idei.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-2753\" style=\"width:416px;height:auto\" srcset=\"https:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/rozwoj-idei.jpg 879w, https:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/rozwoj-idei-285x300.jpg 285w, https:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/rozwoj-idei-768x807.jpg 768w\" sizes=\"auto, (max-width: 879px) 100vw, 879px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<p>W etapie drugim dobudowa\u0142em grupy CH<sub>2<\/sub> w spos\u00f3b pokazany na modelu <strong>A2<\/strong> (rysunek powy\u017cej). Pary tych grup po\u0142\u0105czy\u0142em wi\u0105zaniem pojedynczym (<strong>A3<\/strong>). Wreszcie utworzy\u0142em wewn\u0119trzny pier\u015bcie\u0144 sze\u015bciocz\u0142onowy (<strong>A4<\/strong>). Modele <strong>A1<\/strong>&#8211;<strong>A3<\/strong> optymalizowa\u0142em jedynie za pomoc\u0105 modu\u0142u MM w programie ChemSketch. Dopiero model <strong>A4<\/strong> podda\u0142em procesowi optymalizacji na poziomie p\u00f3\u0142empirycznym. Okaza\u0142o si\u0119, \u017ce optymalizacja udawa\u0142a si\u0119 g\u0142adko, ale relaksacja nie powiod\u0142a si\u0119 zar\u00f3wno dla metody PM3 (Orca 4.2.1) jak i PM7 (MOPAC 22.1.1). Obecna by\u0142a jedna cz\u0119sto\u015b\u0107 ujemna o ma\u0142ej warto\u015bci 4.38 cm<sup>-1<\/sup>. Charakter tego &#8222;drgania&#8221; by\u0142 na tyle skomplikowany, \u017ce to skomplikowanie nie pozwala\u0142o mi na odkrycie metody zrelaksowana cz\u0105steczki poprzez r\u0119czne przesuni\u0119cia wybranych atom\u00f3w. Rozwi\u0105zanie przysz\u0142o z innej strony.<\/p>\n\n\n\n<p>Zanim znalaz\u0142em to rozwi\u0105zanie, skonstruowa\u0142em cz\u0105steczk\u0119 nowego zwi\u0105zku skondensowan\u0105 z dw\u00f3ch p\u0142at\u00f3w modelu <strong>A4<\/strong>. Konstrukcja sk\u0142ada\u0142a si\u0119 z jednego p\u0142atu <strong>A4<\/strong> pozbawionego aksjalnych grup -CH=CH- i drugiego <strong>A4<\/strong> skondensowanego z pierwszym za pomoc\u0105 pojedynczych wi\u0105za\u0144 C-C takiego samego fragmentu, czyli -CH=CH-, ale wi\u0105zania te zosta\u0142y utworzone w miejscach atom\u00f3w wodoru (Orca 4.2.1\/ PM3\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/cyklosy\/stadionen2A-pm3-onv-C132H48.sdf' data-backgroundcolor='#FF99FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Dodatkowo zauwa\u017cy\u0142em, \u017ce \u0142\u0105czenie to mo\u017cna zbudowa\u0107 w izomeryczny spos\u00f3b. Wykona\u0142em nowe po\u0142\u0105czenie przekr\u0119caj\u0105c oba p\u0142aty wzgl\u0119dem siebie o 30\u00b0 (parametry oblicze\u0144 jak wy\u017cej):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/cyklosy\/stadionen2B-pm3-onv-C132H48.sdf' data-backgroundcolor='#FF99FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Pomy\u015bla\u0142em, \u017ce je\u015bli oba izomery daj\u0105 si\u0119 skutecznie zrelaksowa\u0107, to mo\u017ce ich geometria b\u0119dzie w\u0142a\u015bciwym stanem wyj\u015bciowym do optymalizacji i relaksacji <strong>A4<\/strong>. W rym celu rozdzieli\u0142em oba p\u0142aty. Fragment z grupami -CH=CH- odtworzy\u0142em przez ostro\u017cne dorysowanie atom\u00f3w wodoru do atom\u00f3w w\u0119gla. Uzyskan\u0105 struktur\u0119 wyj\u015bciow\u0105 podda\u0142em optymalizacji. Rzeczywi\u015bcie uzyskana optymalna struktura okaza\u0142a si\u0119 r\u00f3wnie\u017c zrelaksowana (parametry oblicze\u0144 jak wy\u017cej):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe2\/cyklosy\/pol-stadio-C72H36-ze-stadio-pm3-onv.sdf' data-backgroundcolor='#FF99FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Jak wida\u0107 na powy\u017cszej r\u0119cznej animacji, cz\u0105steczka nie jest p\u0142aska, ale ma raczej kszta\u0142t siod\u0142a.<\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/cyklosy3\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"><strong>Cyklosy3<\/strong><\/a> &#8211; klik<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Nast\u0119pny model r\u00f3\u017cni si\u0119 do poprzednich tym, \u017ce zmostkowane zosta\u0142y atomy w\u0119gla le\u017c\u0105ce na zewn\u0105trz makrocyklu. Zauwa\u017cy\u0142em, \u017ce u\u0142o\u017cenie atom\u00f3w wodotu mo\u017ce sprzyja\u0107 ich podstawieniu przez fragmenty allenowe -C=C=CH-. Ten zabieg konstrukcyjny da\u0142 cz\u0105steczk\u0119, kt\u00f3ra uleg\u0142a optymalizacji i relaksacji na poziomie PM3 (Orca 4.2.1\/ PM3\/ hess-plus): T\u0119 seri\u0119 zako\u0144czy\u0142 model z wstawionymi atomami azotu (parametry [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-2748","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2748","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2748"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2748\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3502,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2748\/revisions\/3502"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2748"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}