{"id":2385,"date":"2024-04-17T16:24:05","date_gmt":"2024-04-17T14:24:05","guid":{"rendered":"https:\/\/teneochem.pl\/?page_id=2385"},"modified":"2025-01-29T21:21:40","modified_gmt":"2025-01-29T21:21:40","slug":"tetracony","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/tetracony\/","title":{"rendered":"Tetracony"},"content":{"rendered":"\n<p>Grupa tr\u00f3jwymiarowych struktur, kt\u00f3ra urzek\u0142a mnie swoim porz\u0105dkiem i  kubicznym pi\u0119knem. Model, kt\u00f3ry pozwala rozumie\u0107 ide\u0119 tych cz\u0105steczek sk\u0142ada si\u0119 z pi\u0119ciu cykli czterow\u0119glowych po\u0142\u0105czonych mostkami =C=. W sumie jest to uk\u0142ad tworz\u0105cy zesp\u00f3\u0142 prostopad\u0142ych pier\u015bcieni C<sub>4<\/sub>. Do cz\u0105steczki modelowej doda\u0142em cztery \u0142a\u0144cuchy =C=CH<sub>2<\/sub>. Pokazuj\u0105 one przyk\u0142adowe kierunki dalszej rozbudowy (Orca4.2.1\/ B3LYP\/ def2-SVP\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/encony\/tetracon-0-conv-C32H24.sdf' data-backgroundcolor='#9966FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Wyobra\u017cenie o kierunku rozbudowy cz\u0105steczek podstawowych do konstrukcji tr\u00f3jwymiarowych (wszystkie s\u0105 tr\u00f3jwymiarowe, ale istnieje tendencja do zaniedbywania &#8222;grubo\u015bci&#8221; p\u0142askich moleku\u0142 i nazywania ich dwuwymiarowymi) daje, jak s\u0105dz\u0119, nast\u0119pna drobina (C<sub>112<\/sub>H<sub>56<\/sub> &#8211; Orca4.2.1\/ PM3\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/encony\/tetracon-1-pm3-onv-C112H56.sdf' data-backgroundcolor='#9966FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Rozbudowa cz\u0105steczki do kolejne sze\u015bciany nie napotyka\u0142a na trudno\u015bci. Zbudowa\u0142em wi\u0119c uk\u0142ad C<sub>314<\/sub>H<sub>112<\/sub> (Orca4.2.1\/ PM3\/ hess-plus). To jet najwi\u0119ksza cz\u0105steczka, jak\u0105 dotychczas z sukcesem zoptymalizowa\u0142em. Obliczenia za pomoc\u0105 programu Orca na poziomie p\u00f3\u0142empirycznym trwa\u0142y na moim prywatnym komputerze niemal 69 godzin. To d\u0142ugo<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/encony\/hemi-tri-tetracon-1-pm3-onv-C314H112.sdf' data-backgroundcolor='#9966FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Rozw\u00f3j konstrukcji zako\u0144czy\u0142em monumentaln\u0105 struktur\u0105 C<sub>641<\/sub>H<sub>172<\/sub>. Przy okazji okaza\u0142o si\u0119, \u017ce ChemSketch 2023 w wersji darmowej odmawia jej optymalizacji (MM zg\u0142asza obecno\u015b\u0107 zbyt du\u017cej  liczby k\u0105t\u00f3w torsyjnych &#8211; jest ich powy\u017cej 3000). Dodatkowo program odmawia zapisania struktury w wersji MDL *.mol (V2000) ze wzgl\u0119du na przekroczenie liczby 999 atom\u00f3w lub wi\u0105za\u0144). Na szcz\u0119\u015bcie 3DViewer wykonuje to polecenie bez problemu. Dzi\u0119ki temu mog\u0142em zapisa\u0107 plik w formacie mol, nast\u0119pnie utworzy\u0107 plik sdf w programie Avogadro 1.99 i zaprezentowa\u0107 tu t\u0119 cz\u0105steczk\u0119 poni\u017cej (nawet bez optymalizacji za pomoc\u0105 MM):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 500px; width: 500px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/encony\/tetra-tetracon-1-C641H172.sdf' data-backgroundcolor='#9966FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p>Przyznam, \u017ce nieparzysta liczba atom\u00f3w w\u0119gla w cz\u0105steczce (C<sub>641<\/sub>) troch\u0119 mnie niepokoi (chyba powinna by\u0107 parzysta), ale mimo uwa\u017cnego, jak dotychczas s\u0105dz\u0119, przegl\u0105du geometrii nie zauwa\u017cy\u0142em powielania si\u0119 atom\u00f3w. By\u0107 mo\u017ce gdzie\u015b pope\u0142ni\u0142em b\u0142\u0105d w konstrukcji. Nie wiem, nie potrafi\u0119 go znale\u017a\u0107 (14 kwietnia 2024).<\/p>\n\n\n\n<p>Dodam jeszcze jedn\u0105 cz\u0105steczk\u0119, kt\u00f3ra pozosta\u0142a samotna w zbiorze encon\u00f3w &#8211; to go\u015b\u0107 z sze\u015bciocz\u0142onowym pier\u015bcieniem centralnym. Jest to hexacon C<sub>102<\/sub>H<sub>60<\/sub>. Nie poddawa\u0142em tej moleku\u0142y dalszym rozbudowom ze wzgl\u0119du na ogromn\u0105 liczb\u0119 cz\u0105steczek, kt\u00f3re czekaj\u0105 na opublikowanie. Wydaje mi si\u0119 jednak, \u017ce jest to ciekawe zagadnienie do rozpatrzenia w przysz\u0142o\u015bci (Orca 4.2.1\/ PM3\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 400px; width: 400px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/encony\/hexacon-1-pm3-onv1-C102H60.sdf' data-backgroundcolor='#9966FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Grupa tr\u00f3jwymiarowych struktur, kt\u00f3ra urzek\u0142a mnie swoim porz\u0105dkiem i kubicznym pi\u0119knem. Model, kt\u00f3ry pozwala rozumie\u0107 ide\u0119 tych cz\u0105steczek sk\u0142ada si\u0119 z pi\u0119ciu cykli czterow\u0119glowych po\u0142\u0105czonych mostkami =C=. W sumie jest to uk\u0142ad tworz\u0105cy zesp\u00f3\u0142 prostopad\u0142ych pier\u015bcieni C4. Do cz\u0105steczki modelowej doda\u0142em cztery \u0142a\u0144cuchy =C=CH2. Pokazuj\u0105 one przyk\u0142adowe kierunki dalszej rozbudowy (Orca4.2.1\/ B3LYP\/ def2-SVP\/ hess-plus): Wyobra\u017cenie [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-2385","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2385","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2385"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2385\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3563,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2385\/revisions\/3563"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2385"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}