{"id":2054,"date":"2024-03-14T20:59:16","date_gmt":"2024-03-14T19:59:16","guid":{"rendered":"https:\/\/teneochem.pl\/?page_id=2054"},"modified":"2025-01-30T14:40:28","modified_gmt":"2025-01-30T14:40:28","slug":"sateliteny","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/sateliteny\/","title":{"rendered":"Sateliteny"},"content":{"rendered":"\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Ten wpis dotyczy w\u0119glowodor\u00f3w o kszta\u0142cie, kt\u00f3ry skojarzy\u0142 mi si\u0119 na pocz\u0105tku ze statkami kosmicznymi z pocz\u0105tku ery podboju kosmosu. Pierwszym prezentowanym zwi\u0105zkiem jest monoanion o wzorze sumarycznym C<sub>30<\/sub>H<sub>5<\/sub><sup>\u2296<\/sup>. Obliczenia optymalnej geometrii zosta\u0142y wykonane na poziomie DFT (Orca4.2.1\/B3LYP\/def2-SVP\/hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/sateliteny\/sateliten-onv-C30H5-minus.sdf' data-backgroundcolor='#9900FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Analiza rozmieszczenia \u0142adunk\u00f3w cz\u0105stkowych w tym anionie daje niejednoznaczne wyniki. Wed\u0142ug schematu Mullikena najwi\u0119kszy co do modu\u0142u \u0142adunek ujemny jest zlokalizowany na atomach w\u0119gla typu sp<sup>3<\/sup> (w &#8222;talii&#8221; cz\u0105steczki). Wed\u0142ug schematu Loewdina najwi\u0119ksze ujemne \u0142adunki s\u0105 rozproszone pomi\u0119dzy atomy w\u0119gla czo\u0142owego pier\u015bcienia pi\u0119ciocz\u0142onowego. Ten wynik odpowiada lepiej  wyobra\u017ceniom o stabilnym aromatycznym anionie cyklopentadienylidowym. C\u00f3\u017c, jest mi\u0119dzy tymi oboma schematami pewna niezgodno\u015b\u0107, jak s\u0105dz\u0119.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Adnotacja 11.06.2024. Optymalizacj\u0119 i relaksacj\u0119 dla tych samych warunk\u00f3w powt\u00f3rzy\u0142em z u\u017cyciem nowszej wersji programu Orca. Orca 5.0.4 jest szybsza ni\u017c u\u017cyta wcze\u015bniej Orca 4.2.1. W drugim wypadku czas optymalizacji i relaksacji wynosi\u0142 oko\u0142o 7 godz. i 44 min (16 rdzeni), to dla nowszej Orki by\u0142o to 5 godz. 27 min (15 rdzeni). <\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Rozbudowa powy\u017cej pokazanego anionu r\u00f3wnie\u017c prowadzi do cz\u0105steczki zrelaksowanej o \u0142adunku ujemnym (Orca 4.2.1\/ B3LYP\/ def2-SVP\/ hess-plus &#8211; krotno\u015bci wi\u0105za\u0144 nie s\u0105 pokazane):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/sateliteny\/bi-sateliten-conv-C35H5-minus.sdf' data-backgroundcolor='#9900FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Adnotacja 11.06.2024. Wykona\u0142em dodatkow\u0105 optymalizacj\u0119 wy\u017cej pokazanego anionu dla nieco innych parametr\u00f3w (Orca 5.0.4\/ revPBE\/ def2-TZVP\/ hess-plus). O ile geometrie w obu wypadkach s\u0105 niemal identyczne, o tyle swobodne energie Gibbsa si\u0119 r\u00f3\u017cni\u0105. W pierwszym wypadku \u0394G = -1334.09822932 Eh, natomiast w drugim \u0394G = -1336.05227670 Eh. Nie ma niespodzianki w tym, \u017ce bardziej rozbudowana baza daje nieco ni\u017csz\u0105 energi\u0119.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Sprawdzi\u0142em, jak wp\u0142ynie na obliczenia saturacja pi\u0119ciu atom\u00f3w w\u0119gla za pomoc\u0105 atom\u00f3w wodoru (w\u0142a\u015bciwie czterech atom\u00f3w wodoru i jednego protonu) w wypadku pierwszego pokazanego anionu. Taka cz\u0105steczka jest oboj\u0119tna i r\u00f3wnie\u017c jest zrelaksowana (Orca 4.2.1\/ B3LYP\/ def2-SVP\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/sateliteny\/hydro-sateliten-ov.sdf' data-backgroundcolor='#9900FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Kolejna pr\u00f3ba dotyczy\u0142a konstrukcji na\u0142adowanego alotropu w\u0119gla. Usuni\u0119cie atom\u00f3w wodoru i nadanie cz\u0105steczce \u0142adunku dwuujemniego doprowadzi\u0142o do uzyskania zrelaksowanej drobiny C<sub>35<\/sub><sup>2-<\/sup> (Orca 4.2.1\/ B3LYP\/ def2-SVP\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/sateliteny\/bi-sateliten-C35-onv-2minus.sdf' data-backgroundcolor='#9900FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Adnotacja 11.06.2024. Wykona\u0142em dodatkow\u0105 optymalizacj\u0119 w nieco innych warunkach (Orca 5.0.4\/ revPBE\/ def2-TZVP\/ hess-plus). Zwr\u00f3c\u0119 tu uwag\u0119 na szybko\u015bci optymalizacji i relaksacji. Orca 4.2.1 zako\u0144czy\u0142a obliczenia na 16 rdzeniach w ci\u0105gu oko\u0142o 11 godz. 14 min. Nowsza Orca 5.0.4 zako\u0144czy\u0142a obliczenia na 15 rdzeniach po oko\u0142o 6 godz. 14 min. Jest to ogromne przyspieszenie dzia\u0142ania programu mimo zastosowania w nowszej Orce bardziej rozbudowanej bazy orbitalowej (prawdopodobnie na 16 rdzeniach nowsza Orca by\u0142aby jeszcze szybsza).<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Intryguj\u0105ca by\u0142o dla mnie mo\u017cliwo\u015b\u0107 usuni\u0119cia \u0142adunku z wy\u017cej pokazanej moleku\u0142y przez zast\u0105pienie karboanionu za pomoc\u0105 atomu azotu. W ten spos\u00f3b utworzy\u0142em oboj\u0119tne elektrycznie cz\u0105steczki, kt\u00f3re nazwa\u0142em diazasatelitenami i b\u0119d\u0105ce azaanalogami alotrop\u00f3w w\u0119gla (Orca4.2.1\/ B3LYP\/def2-SVP\/ hess-plus) w wersji A:<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/sateliteny\/bi-diazasatelitenA-zero-onv.sdf' data-backgroundcolor='#9900FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Oraz w wersji B (warunki optymalizacji jak wy\u017cej), gdzie atomy azotu znajduj\u0105 si\u0119 nadal w pozycjach 1,3 ale s\u0105 umieszczone izomerycznie w por\u00f3wnaniu do wersji A:<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/sateliteny\/bi-diazasatelinten-B-ov.sdf' data-backgroundcolor='#9900FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Oraz w wersji piro (warunki optymalizacji jak wy\u017cej) atomy azotu nale\u017c\u0105 do r\u00f3\u017cnych sfer oddzielonych tetraedrycznymi atomami w\u0119gla:<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/nowe\/sateliteny\/bi-piro-dateliten-onv.sdf' data-backgroundcolor='#9900FF' data-style='stick:radius~0.2;sphere:radius~0.4'><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Naturalnie mo\u017cna skonstruowa\u0107 wi\u0119ksz\u0105 liczb\u0119 izomerycznych sateliten\u00f3w. Zapewne t\u0119 prac\u0119 przyjdzie wykona\u0107 w przysz\u0142o\u015bci, ale tymczasem w kolejce do publikacji czekaj\u0105 nieco inne struktury.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Adnotacja 11.06.2024. Orca 5.0.4 jest znacznie szybsza od jej starszej wersji (4.2.1). Umo\u017cliwia to stosowanie w obliczeniach wi\u0119kszych baz orbitalowych a tym samym dok\u0142adniejszych wynik\u00f3w. <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Ten wpis dotyczy w\u0119glowodor\u00f3w o kszta\u0142cie, kt\u00f3ry skojarzy\u0142 mi si\u0119 na pocz\u0105tku ze statkami kosmicznymi z pocz\u0105tku ery podboju kosmosu. Pierwszym prezentowanym zwi\u0105zkiem jest monoanion o wzorze sumarycznym C30H5\u2296. Obliczenia optymalnej geometrii zosta\u0142y wykonane na poziomie DFT (Orca4.2.1\/B3LYP\/def2-SVP\/hess-plus): Analiza rozmieszczenia \u0142adunk\u00f3w cz\u0105stkowych w tym anionie daje niejednoznaczne wyniki. Wed\u0142ug schematu Mullikena najwi\u0119kszy co do modu\u0142u [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-2054","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2054","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2054"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2054\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3596,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2054\/revisions\/3596"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2054"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}