Rozwini\u0119ciem idei drabinen\u00f3w by\u0142o dodanie kolejnych pier\u015bcieni. W ten spos\u00f3b nowe cz\u0105steczki mia\u0142yby si\u0119 zbli\u017cy\u0107 form\u0105 do rurek. Krokiem w tym kierunku by\u0142a optymalizacja drabinenu8-2-2. Nazwa ta oznacza, \u017ce w pier\u015bcieniu znajduje si\u0119 osiem pier\u015bcieni podstawowych a nast\u0119pne cyfry oznaczaj\u0105, \u017ce jest ich po dwa w ka\u017cdej czw\u00f3rce:<\/p>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\n
Pokazana powy\u017cej cz\u0105steczka zosta\u0142a zoptymalizowana na poziomie DFT (Orca4.2.1\/B3LYP\/def2-SVP\/hess-plus) i wszystkie cz\u0119sto\u015bci w hessianie okaza\u0142y si\u0119 dodatnie. Ta, sk\u0105d in\u0105d, kr\u00f3tka rurka zawiera ju\u017c 96 atom\u00f3w w\u0119gla oraz 16 atom\u00f3w wodoru. Na tym poziomie oblicze\u0144 jest to granica mojej cierpliwo\u015bci czasowej. Obliczenia trwa\u0142y niemal sze\u015b\u0107 d\u00f3b. Szkoda mi, \u017ce wi\u0119ksze cz\u0105steczki, kt\u00f3re opisz\u0119 poni\u017cej zosta\u0142y jedynie zoptymalizowane na poziomie p\u00f3\u0142empirycznym. Mo\u017ce b\u0119dzie jeszcze okazja wykona\u0107 optymalizacj\u0119 i obliczy\u0107 sta\u0142e si\u0142owe na wy\u017cszych poziomach.<\/p>\n\n\n\n
Stosuj\u0105c konsekwentnie dotychczasowe nazewnictwo wykona\u0142em optymalizacj\u0119 drabinen\u00f3w: 8-3-3 (C128<\/sub>H16<\/sub>), 8-4-3 (C136<\/sub>H16<\/sub>), 8-5-5 (C192<\/sub>H16<\/sub>) oraz ich chiralnych odpowiednik\u00f3w: 8-4-3 oraz 8-4-4. Niestety liczba atom\u00f3w w\u0119gla przy coraz d\u0142u\u017cszych rurkach wzrasta szybki i tak dla drabinenu8-7-7 wynosi ju\u017c 256 atom\u00f3w tego pierwiastka. <\/p>\n\n\n\n Poni\u017cej zosta\u0142 przedstawiony animowany model drabinenu8-5-5 (MOPAC22\/PM7), aby da\u0107 przedsmak konstrukcji, kt\u00f3re mo\u017cna utworzy\u0107 i zoptymalizowa\u0107 na wy\u017cszych poziomach:<\/p>\n\n\n\n Na zako\u0144czenie tego dzia\u0142u, chcia\u0142bym pokaza\u0107 cz\u0105steczki, kt\u00f3re s\u0105 obiektami makrocyklicznymi, a powsta\u0142y dzi\u0119ki spolegliwemu interfejsowi graficznemu programu ChemSketch. Optymalizacj\u0119 utworzontch struktur wykona\u0142em za pomoc\u0105 programu MOPAC22 i metody PM7 bez badania sta\u0142ych si\u0142owych w hessianie. Mimo tych brak\u00f3w pi\u0119kno tych cz\u0105steczek zas\u0142uguje na publikacj\u0119.<\/p>\n\n\n\n Pierwsz\u0105 z nich jest w\u0119glowod\u00f3r makrocykliczny C176<\/sub>H64<\/sub>. Cz\u0105steczka jest wy\u015bwietlona z pliku w formacie pdb, dlatego nie zawiera informacji o krotno\u015bci wi\u0105za\u0144. Nie s\u0105 pokazane r\u00f3wnie\u017c atomy wodoru:<\/p>\n\n\n\n Powy\u017cej pokazan\u0105 cz\u0105steczk\u0119 rozbudowywa\u0142em kilkukrotnie a\u017c do modelu pokazanego poni\u017cej, C272<\/sub>H64<\/sub>:<\/p>\n\n\n\n Ciekawostk\u0105 jest to, \u017ce cz\u0105steczki powy\u017cej s\u0105 podatne na dodatkow\u0105, niezwyk\u0142a rozbudow\u0119 za pomoc\u0105 ramion homoallenowych, jak przyk\u0142adowo, ta (C464<\/sub>H64<\/sub>), kt\u00f3ra przypomina mi swoim kszta\u0142tem stadion olimpijski:<\/p>\n\n\n\n Pokaza\u0142em tu jedynie wybrane przyk\u0142ady z serii modeli, kt\u00f3re powsta\u0142y i zosta\u0142y zoptymalizowane jedynie na poziomie MM. Zagadnienie jest znacznie szersze i wymaga bardziej szczeg\u00f3\u0142owego opracowania w przysz\u0142o\u015bci.<\/p>\n\n\n\n Dopisek 18.03.2024 r<\/em>. Tak si\u0119 z\u0142o\u017cy\u0142o, \u017ce najprostszy drabinen umkn\u0105\u0142 mi podczas przygotowywania tego dzia\u0142u. Chodzi o cz\u0105steczk\u0119 makrocykliczn\u0105 utworzon\u0105 z czterech pier\u015bcieni dziesi\u0119ciocz\u0142onowych po\u0142\u0105czonych mostkami etinowymi (Orca4.2.1\/ B3LYP\/ def2-SVP\/ hess-plus):<\/p>\n\n\n\n Rozwini\u0119ciem idei drabinen\u00f3w by\u0142o dodanie kolejnych pier\u015bcieni. W ten spos\u00f3b nowe cz\u0105steczki mia\u0142yby si\u0119 zbli\u017cy\u0107 form\u0105 do rurek. Krokiem w tym kierunku by\u0142a optymalizacja drabinenu8-2-2. Nazwa ta oznacza, \u017ce w pier\u015bcieniu znajduje si\u0119 osiem pier\u015bcieni podstawowych a nast\u0119pne cyfry oznaczaj\u0105, \u017ce jest ich po dwa w ka\u017cdej czw\u00f3rce: Pokazana powy\u017cej cz\u0105steczka zosta\u0142a zoptymalizowana na poziomie […]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-1889","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1889","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1889"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1889\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3581,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1889\/revisions\/3581"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1889"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}