{"id":1753,"date":"2024-02-06T21:10:43","date_gmt":"2024-02-06T20:10:43","guid":{"rendered":"https:\/\/teneochem.pl\/?page_id=1753"},"modified":"2025-01-29T21:35:55","modified_gmt":"2025-01-29T21:35:55","slug":"rybeny","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/rybeny\/","title":{"rendered":"Rybeny"},"content":{"rendered":"\n<p>T\u0142umacz\u0119 si\u0119 z nazwy. Dla tej grupy zwi\u0105zk\u00f3w powsta\u0142a przez skojarzenie skrzyd\u0142owych fragment\u00f3w cz\u0105steczek z pyskiem ryby. Nazwa nie ma nic wsp\u00f3lnego z cukrem ryboz\u0105. Jest to przypadkowa zbie\u017cno\u015b\u0107 nazw w j\u0119zyku polskim. Naturalnie wiem, \u017ce \u017ar\u00f3d\u0142os\u0142\u00f3w rybozy jest zupe\u0142nie inny i pochodzi od przekszta\u0142conego s\u0142owa arabinoaza. To dlaego zdecydowa\u0142em si\u0119 na polsk\u0105 nazw\u0119. Mog\u0142em oczywi\u015bcie nazwa\u0107 t\u0119 grup\u0119 na przyk\u0142ad fiszenami&#8230; Mo\u017ce taka si\u0119 przyjmie kiedy\u015b?<\/p>\n\n\n\n<p>Rybeny to grupa rurkowatych w\u0119glowodor\u00f3w sk\u0142adaj\u0105cych ci\u0119 z trzech tr\u00f3j-, pi\u0119cio- sze\u015bciow\u0119glowych itd. \u0142a\u0144cuch\u00f3w enowych. Przypomn\u0119, \u017ce dla \u0142a\u0144cuch\u00f3w <strong>czterow\u0119glowych<\/strong> wymy\u015bli\u0142em odr\u0119bn\u0105 nazw\u0119. By\u0142y to opublikowane wcze\u015bniej zagrodeny. Najprostszym tak tutaj rozumianym rybenem333 jest cz\u0105steczka sk\u0142adaj\u0105ca si\u0119 z trzech fragment\u00f3w allenowych po\u0142\u0105czonych mostkami  metylenowymi.  <\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/rybeny\/ryben333-ov.mol' data-backgroundcolor='green' data-style='stick'><\/div>\n\n\n\n<p>Obliczenia na poziomie DFT (Orca4.2.1\/B3lyp\/def2-SVP) pokazuj\u0105 jednak, \u017ce cz\u0105steczka nie jest zrelaksowana i obecne s\u0105 dwie cz\u0119sto\u015bci ujemne w hessianie. Dzieje si\u0119 tak dlatego, \u017ce podstawniki skrzyd\u0142owe w pochodnych allenowych s\u0105 prostopad\u0142e. Tutaj jednak geometria cz\u0105steczki usztywniona jest w taki spos\u00f3b, \u017ce te podstawniki le\u017c\u0105 w p\u0142aszczyznach niemal r\u00f3wnoleg\u0142ych. Procedura optymalizacyjna nie potrafi &#8222;przeskoczy\u0107&#8221; bariery energetycznej, kt\u00f3ra blokuje przej\u015bcie do bardziej zrelaksowanej formy geometrycznej. Jaka to jest forma, pozostaje zagadnieniem otwartym. <\/p>\n\n\n\n<p>Cz\u0105steczka najprostszego rybenu rozbudowana do uk\u0142ad\u00f3w pentatetraenowych (ryben555) ulega prawid\u0142owej optymalizacji wraz z relaksacj\u0105 (Orca4.2.1\/B3LYP\/def2-SVP\/hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/rybeny\/ryben555po-skreceniu.mol' data-backgroundcolor='green' data-style='stick'><\/div>\n\n\n\n<p>Pozytywny wynik tej optymalizacji jest zaskakuj\u0105cy, gdy\u017c k\u0105ty dwu\u015bcienne wskazane na poni\u017cszym rysunku s\u0105 niewielkie i wynosz\u0105 9\u00b0:<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image aligncenter size-full\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"498\" height=\"249\" src=\"http:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/ryben555po-skreceniu-cov-1.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-1758\" srcset=\"https:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/ryben555po-skreceniu-cov-1.jpg 498w, https:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/ryben555po-skreceniu-cov-1-300x150.jpg 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 498px) 100vw, 498px\" \/><figcaption class=\"wp-element-caption\">Rys. 1. K\u0105ty dwu\u015bcienne pokazuj\u0105ce niewielkie skr\u0119cenie cz\u0105steczki rybenu555<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n<p>Staje si\u0119 jasne, \u017ce wyd\u0142u\u017cenie \u0142a\u0144cucha enowego do pi\u0119ciu atom\u00f3w pozwala na relaksacj\u0119 cz\u0105steczki nawet dla niewielkiego k\u0105ta skr\u0119cenia fragment\u00f3w skrzyd\u0142owych wzgl\u0119dem siebie.<\/p>\n\n\n\n<p>Dla cz\u0105steczki rybenu666 analogiczne k\u0105ty wynosz\u0105 dok\u0142adnie 0\u00b0. Oznacza to, \u017ce cz\u0105steczka wykazuje przynajmniej jeden element symetrii <i>C<\/i><sub>3<\/sub> (Orca4.2.1\/B3LYP\/def2-SVP\/hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image aligncenter size-full is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"500\" height=\"500\" src=\"http:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/ryben666.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-1763\" style=\"width:316px;height:auto\" srcset=\"https:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/ryben666.jpg 500w, https:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/ryben666-300x300.jpg 300w, https:\/\/teneochem.pl\/wp-content\/uploads\/2024\/02\/ryben666-150x150.jpg 150w\" sizes=\"auto, (max-width: 500px) 100vw, 500px\" \/><figcaption class=\"wp-element-caption\">Rys. 2. Ryben666 z zerowym k\u0105tem torsyjnym<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n<p>Tak samo zachowuje si\u0119 ryben888. Jak nale\u017cy s\u0105dzi\u0107 podobnie powinny si\u0119 zachowywa\u0107 analogiczne cz\u0105steczki z parzystymi liczbami atom\u00f3w w\u0119gla w \u0142a\u0144cuchach enowych (do tej kategorii nale\u017cy zagroden3-2 opublikowany tu wcze\u015bniej). <\/p>\n\n\n\n<p> Dla rybenu777 skr\u0119cenie jest znacznie wi\u0119ksze i wynosi oko\u0142o -38\u00b0. Wskazuje to, \u017ce mamy do czynienia w tym konkretnym wypadku z enancjomerem M (Orca4.2.1\/B3LYP\/def2-SVP\/hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/rybeny\/ryben777.mol' data-backgroundcolor='green' data-style='stick'><\/div>\n\n\n\n<p>W tym miejscu przytocz\u0119 jeszcze jedn\u0105 struktur\u0119, kt\u00f3ra powinna mie\u0107 charakter zasadowy. Chodzi o pochodn\u0105 enaminow\u0105, w kt\u00f3rej wszystkie grupy -CH<sub>2<\/sub>&#8211; zosta\u0142y zast\u0105pione grypami -NH- (Orca4.2.1\/B3LYP\/def2-SVP\/hess-plus):<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height: 300px; width: 300px; position: relative;\" class='viewer_3Dmoljs' data-href='https:\/\/teneochem.pl\/struct\/rybeny\/rybeno888-hexaamine.mol' data-backgroundcolor='violet' data-style='stick'><\/div>\n\n\n\n<p>Konformacja atom\u00f3w wodoru zosta\u0142a wybrana r\u0119cznie. Niekt\u00f3re jednak drgania widoczne na animacji w programie Avogadro1.98.1 pokazuj\u0105 (nie s\u0105 tutak uwidocznione), \u017ce konformacje z atomami wodoru ustawionymi w pozycjach endo s\u0105 r\u00f3wnie\u017c mo\u017cliwe. Jednak nie wykonywa\u0142em oblicze\u0144 dla takich konformacji i problem pozostaje otwarty.<\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/rybeny2\/\">Cz\u0119\u015b\u0107 druga<\/a>-klik<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>T\u0142umacz\u0119 si\u0119 z nazwy. Dla tej grupy zwi\u0105zk\u00f3w powsta\u0142a przez skojarzenie skrzyd\u0142owych fragment\u00f3w cz\u0105steczek z pyskiem ryby. Nazwa nie ma nic wsp\u00f3lnego z cukrem ryboz\u0105. Jest to przypadkowa zbie\u017cno\u015b\u0107 nazw w j\u0119zyku polskim. Naturalnie wiem, \u017ce \u017ar\u00f3d\u0142os\u0142\u00f3w rybozy jest zupe\u0142nie inny i pochodzi od przekszta\u0142conego s\u0142owa arabinoaza. To dlaego zdecydowa\u0142em si\u0119 na polsk\u0105 nazw\u0119. Mog\u0142em [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-1753","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1753","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1753"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1753\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3467,"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1753\/revisions\/3467"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teneochem.pl\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1753"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}